L'avantage de faire partie de l'armée est que, contrairement à Gordon Freeman, vous ne débarquez pas à Black Mesa dépourvu de véritables armes. Bien sûr, toutes les armes originales de Half-Life seront présentes au cours de votre aventure.
Clé à molette
Première arme du jeu, elle sert surtout à détruire les caisses afin d'en récupérer leur contenu. La clé possède deux attaques, la seconde étant plus longue à effectuer, mais extrêmement puissante.
Couteau
Seconde arme de corps à corps, elle est rapide mais peu efficace face aux extra-terrestres. Elle fait partie de l'armement de base du marines.
Barnacle
Cette créature Xen vous servira de grappin grâce à son appendice qui s'accroche à n'importe quelle matière organique. Attrapez un ennemi avec, le Barnacle n'en fera qu'une bouchée.
Desert Eagle
Très proche du magnum de Half-Life, il possède un chargeur de 7 balles ainsi qu'une visée laser afin de faire mouche du premier coup.
M-249
Attention, cette mitrailleuse lourde est extrêmement puissante, mais son recul difficile à contenir. A utiliser par petites salves.
Fusil Sniper
Le fusil à lunette va vous permettre de vous débarasser d'ennemis sans prendre part directement aux affrontements. Sa précision sans faille ne laissera aucune chance à votre adversaire.
Téléporteur
Cette arme expérimentale du centre de Black Mesa vous permet de créer une faille entre la Terre et le monde frontière Xen. Vous pouvez ainsi, soit vous y téléporter, soit y envoyer un adversaire coriace.
Fusil Electrique
Ramassé sur le cadavre d'un Shock Trooper, ce fusil vivant vous donne la possibilité d'envoyer des décharges électriques mortelles. L'avantage est que l'arme se recharge automatiquement en munitions.
Lance-Spore
Cette créature se goinfre de spores Xen et les régurgite sous forme de grenades.
L'ajout de nombreuses armes, dont certaines assez originales, apporte un souffle nouveau au jeu.